อินโดนีเซียนำมาใช้ระบบการศึกษาที่มีคุณภาพสูงซึ่งมีการศึกษาในสามระดับขั้นพื้นฐานที่มีระดับสูงสุดเป็นระดับมหาวิทยาลัย เมื่อเร็ว ๆ นี้ประเทศปรับห้าวิทยาลัยให้อยู่ในระดับมหาวิทยาลัยอย่างเต็มที่กับจุดมุ่งหมายของการรองรับแม้แต่นักศึกษาต่างชาติที่อาจจะศึกษาในอินโดนีเซีย โปรแกรมการศึกษาที่สูงขึ้นในประเทศอินโดนีเซียได้รับการรับรองโดยคณะกรรมการได้รับการรับรองแห่งชาติเพื่อการอุดมศึกษา ประเทศ 's เมืองหลวงคือจาการ์ตา

หลักสูตรปริญญาโทวิทยาศาสตร์ (Master of Science) เป็นหลักสูตรขั้นสูงของการศึกษาที่สามารถศึกษาได้ภายในสองปี หลายสถาบันการศึกษาเสนอหลักสูตรปริญญาโททางออนไลน์หรือ Part time เพื่อให้ความสะดวกแก่ผู้เรียนที่ไม่มีเวลาว่างสามารถศึกษาต่อได้