ปริญญาโทสาขาเวชศาสตร์ทั่วไป (MUDr)

คณะแพทยศาสตร์ในพิลเซ่นเปิดสอนหลักสูตรเวชศาสตร์ทั่วไป (อายุ 6 ปี) และทันตกรรม (อายุ 5 ปี) ทั้งในภาษาเช็กและภาษาอังกฤษ

สำหรับนักศึกษาแพทย์ สองปีแรกของการศึกษาจะทุ่มเทให้กับสาขาวิชาทฤษฎี เช่น กายวิภาคศาสตร์ จุลกายวิภาคศาสตร์ คัพภวิทยา ชีวฟิสิกส์ ชีวเคมี และสรีรวิทยา ในช่วงปีที่สามและสี่ มีการศึกษาวิชาพรีคลินิก เช่น พยาธิวิทยากายวิภาคศาสตร์ สรีรวิทยาทางพยาธิวิทยา จุลชีววิทยา ภูมิคุ้มกันวิทยา และเภสัชวิทยา การสอนข้างเตียงยังเปิดตัวในปีที่สาม สองปีที่ผ่านมาของการศึกษาจะทุ่มเทอย่างเต็มที่กับวิชาทางคลินิก สำหรับนักศึกษาคณะทันตแพทยศาสตร์ สองปีแรกของการศึกษาจะเน้นไปที่สาขาวิชาทฤษฎีและทันตกรรมก่อนคลินิก ส่วนปีที่สาม สี่และห้าจะเน้นไปที่สาขาทันตกรรมทางทันตกรรม

ปีการศึกษาสำหรับสาขาวิชาทฤษฎีและวิชาก่อนคลินิกจะจัดในภาคเรียนฤดูหนาวและฤดูร้อน แต่ละภาคการศึกษาประกอบด้วยช่วงการสอนตามด้วยช่วงสอบ หลักสูตรทางคลินิกจัดอยู่ในระบบบล็อก

หลังจากสำเร็จการศึกษา ผู้สำเร็จการศึกษาจะได้รับปริญญาแพทยศาสตร์บัณฑิต - MUDr (แพทยศาสตร์บัณฑิต) ในพิธีตามประเพณีที่จัดขึ้นในคาโรลินุม หอประชุมมหาวิทยาลัยประวัติศาสตร์ในปราก ระดับนี้เป็นที่ยอมรับกันอย่างแพร่หลายในหลายประเทศ